Ниннинджеры получают приглашение в Страну Чудес Ниндзя, где они могут повстречать легендарных ниндзя - Хаттори Ханзо, Фуму Котаро и Сарутоби Саске. Однако они оказываются на борту Ёкай Экспресса. Cпасает их лишь команда, некогда воевавшая с тьмой — Токкюджеры. Они открывают тайну: Страна Чудес

Ниннинджеры вновь собираются в додзё, чтобы почтить память Последнего Ниндзя, их дедушки, погибшего 2 года назад, но все портит Гашадокуро - воскресший Ёкай. Такахару собирается его уничтожить, но Фуука и Касуми делают это первыми, заодно открывая свой секрет - теперь они защищают город как команда

Три поколения назад, последний ниндзя Ёситака Игасаки навсегда запечатал группу злодеев Ёкай. После его смерти, спустя поколения, Ёкай возрождаются. Задача устранения угрозы возлагается на его потомков Такахару и Фуку, а также на их друзей Якумо, Наги и Касуми.

Воины Сюрикенов Ниннинджеры попадают в мир Камен Райдера Драйва. Шинноске принимает пятерку разноцветных героев за Роймудов, бесчинствующих в городе и арестовывает Красного ниндзя. Допросив задержанного Драйв узнает, что в нападение на людей виноваты Ёкаи, а Ниннинджеры пытаются спасти людей от